Untuk mencapai VISI tersebut, SMP Negeri 3 Purworejo Klampok mengembangkan misi sebagai berikut:

1. Menanamkan nilai keimanan, ketaqwaan dan akhlak mulia melalui pengamalan ajaran agama.

2. Mewujudkan budaya 6S (senyum, salam, sapa, salim, sopan, dan santun) dalam berinteraksi, berkomunikasi dan beradaptasi di lingkungan sosial dalam pergaulan sehari-hari

3. Menerapkan pembelajaran aktif, inovatif, kreatif, efektif dan menyenangkan (PAIKEM) untuk mengembangkan potensi bernalar kritis, komunikatif, inovatif dan dan kolaboratif berbasis pendidikan karakter.

4. Menerapkan strategi pembelajaran dengan model problem solving yang membekali kompetensi pengetahuan dan pengambilan keputusan secara ilmiah.

5. Melestarikan nilai-nilai luhur, kearifan dan budaya lokal maupun nasional serta menghargai keberagaman budaya global. 6. Membangun semangat gotong royong melalui kolaborasi, kepedulian, budaya kreatif dan inovatif agar menjadi peserta didik yang terampil dan mandiri dalam menghadapi era globalisasi.

7. Membiasakan budaya kreatif sehingga mampu menghasilkan gagasan yang orisinal serta menghasilkan karya dan tindakan orisinal.

8. Mewujudkan pendidik dan tenaga kependidikan yang memiliki kompetensi dibidang teknologi, informasi dan komunikasi.

9. Menyediakan sarana dan prasarana yang mendukung terselenggaranya pendikan teknologi informasi

10. Menciptakan lingkungan belajar yang ideal, kondusif dan menyenangkan dengan kemasan HIBERNASI (hijau, indah, bersih, elegan, ramah, nyaman, aman, sehat, dan inspiratif)

11. Menumbuhkembangkan budaya peduli lingkungan (pencegahan pencemaran, pencegahan kerusakan,dan upaya pelestarian lingkungan hidup) kepada seluruh warga sekolah.